虽然目前近视眼手术较高效、安全，但仍然存在一定后遗症，主要包括以下几种：1、感染：可能由于手术因素，导致术后感染，也可能是术前存在感染，术后感染的症状加重，通常是手术过程中，激光损伤神经末梢所导致；2、角膜瓣复位不良：对制瓣的激光手术而言，可能会发生角膜瓣的复位不良，包括瓣下感染、瓣下混浊等；3、其他后遗症：如术后视力回退、眩光、视觉质量下降等，视觉质量下降指虽然患者的视力达到1.0，但整体视觉质量不佳，看东西会感觉不舒服。