手指甲会凸凹不平可有多种原因引起，具体如下：1、全身性疾病：包括消化道疾病、营养不良、缺乏维生素或微量元素、严重贫血等，均可以影响手指甲根部的甲母质细胞功能，合成出结构异常的甲板蛋白，指甲可出现凸凹不平外观；2、指甲周边的皮肤病：也可以影响到甲母质细胞功能，导致指甲凸凹不平，比较常见的是银屑病或者扁平苔藓，甲周皮炎、湿疹，甚至感染性甲沟炎等均可以引起指甲凸凹不平；3、指甲局部因素：真菌感染引起灰指甲即甲癣，引起甲癣的真菌通常可以破坏局部甲板蛋白，导致指甲出现凸凹不平、指甲破损；4、其他因素：比如指甲外伤，可以导致指甲凸凹不平。如果指甲长期在水中浸泡或者接触有机溶剂等，损伤指甲蛋白结构也可以导致手指甲凸凹不平。