小睾丸症最佳的治疗时间，应当是从青春期开始。对于小睾丸症，如果睾丸体积＜12ml，就认为睾丸的功能不良，会影响到生精和雄激素分泌。对于雄激素分泌，现代医学可以通过用激素替代以及促雄激素分泌等方式来进行治疗，通常治疗的时机为青春期开始，并且进行相应激素维持治疗。另外一个治疗就是关于生育。由于小睾丸症，生精功能受到影响，患者通常可以表现为少精子症或者无精子症。对于少精子症和无精子症，可以通过辅助生殖技术来进行治疗，小睾丸症的发病原因可以是先天性的，也可以是后天性的。先天性的原因通常见于克氏综合征，以及先天性肾上腺皮质增生症。而后天性通常是由手术或者创伤引起的睾丸萎缩，以及青春期的附睾睾丸炎，尤其是由于腮腺炎引起来的附睾睾丸炎，其他还可以见于自身免疫性疾病、重金属中毒、营养状态不好，以及大量地抽烟、喝酒等。