莫匹罗星软膏可以应用于包皮龟头炎的治疗，但是只是适用于细菌性包皮龟头炎的治疗。包皮龟头炎是包皮和龟头之间弥漫性的炎症，通常可以分为两大类型，主要如下：1、非感染性包皮龟头炎：其发病的原因主要是包皮垢的刺激所引起；2、感染性包皮龟头炎：其有各种病原微生物所引起。常见的病原微生物包括白色念珠菌、支原体、衣原体、滴虫以及各种的细菌；对于感染性包皮龟头炎其治疗的原则，就是抗菌消炎、内外兼治，根据病原微生物的不同，可以采用不同的药物来进行治疗。对于细菌性的包皮龟头炎，其主要是口服抗菌素，外用的药物可以应用莫匹罗星，因为莫匹罗星是一种抗菌素。除此之外，还可以应用雷夫诺尔溶液、硼酸水等清洗局部，并结合其他药物，来进行对症的处理。