胃肠间质瘤是一种特殊的肿瘤，来源于间叶组织，不能简单地判断其为良性或者恶性。短期内胃肠间质瘤是良性病变，但是随着时间的推移，胃肠间质瘤大多会出现恶性行为，如不断变大、发生转移、术后复发等。 因此，可以认为胃肠道间质瘤是具有潜在恶性的肿瘤，恶性潜能的高低由肿瘤的部位、大小和病理结果决定，恶性潜能越高，致死的可能性越大。总而言之，肿瘤体积越小、核分裂象越少，恶性潜能越低。但为预防其恶性转化，必须早诊断、早治疗、早期复查。