甲状腺结节发生疼痛的原因主要有以下几种：1、结节压迫：甲状腺结节有一定的包膜与张力，结节压迫周围的甲状腺腺泡组织，有可能会产生一定的疼痛，但是疼痛感一般比较轻；2、甲状腺炎症：甲状腺的急性细菌性炎症比较少见，在甲状腺炎症当中，亚急性甲状腺炎较为常见。患者一般在症状发作之前1-2周，可能有上呼吸道感染的病史，感染波及甲状腺，会造成亚急性甲状腺炎。其原因并不是细菌感染，而是感染导致的甲状腺滤泡破坏，患者往往会出现甲状腺结节的明显疼痛；3、甲状腺结节囊内出血：甲状腺结节突然增大，会觉得疼痛，是由于甲状腺结节囊内出血。由于局部压力突然升高，比如剧烈咳嗽使局部的压力升高，导致腺块破裂、出血，结节在短时间内会明显增大，同时由于囊内出血，也会产生明显的疼痛症状。