针对不同类型结肠炎，治疗方式不一样。对于感染性结肠炎，要用抗生素，细菌感染可能要用头孢类、喹诺酮类或大环内酯类抗生素；对于病毒感染，通常此病有一定自限性，患者积极做好对症处理即可；寄生虫感染所致要用抗寄生虫药物。 如果是因为免疫因素引起的结肠炎，通常要用抗免疫药物，如水杨酸类药物、美沙拉嗪、柳氮磺胺吡啶，严重时可能还要用激素治疗及靶向药物。对于药物引起的结肠炎，通常不需要用特殊药物进行治疗，只要停用引起肠炎的药物即可。患者症状严重时用对症药物，如蒙脱石散以止泻，并补充水分即可。 常见的感染性结肠炎可见于细菌、病毒、寄生虫感染等，还可因免疫因素造成，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等。若经常吃抗生素、抗炎药或抗病毒药物，会对于结肠黏膜造成刺激，引起药物性结肠炎。