阑尾炎手术后肚子疼的原因可能很多，具体如下：一、近期(手术后1周内)：1、残端破裂：阑尾残端没有处理好，手术后残端破裂，引起肠道里面的内容物流入腹腔里面，引起腹膜炎，引起肚子疼，此种比较严重；2、冲洗不充分：阑尾炎是化脓性阑尾炎或者穿孔性阑尾炎，医生在手术当中要做腹腔内的冲洗或者刷洗。如果没有刷洗干净或没有冲洗干净，残存着炎症在腹腔里也可能引起肚子疼；3、阑尾伤口有感染：手术后如果肚子疼，应该检查伤口有没有发红、脓肿等。二、远期(过了1-2个月后)：​1、肠粘连：可能是手术后肠粘连，引起肠道不通畅、肠梗阻，引起肚子疼；2、其他疾病：阑尾炎还有别的其他疾病，尤其是慢性阑尾炎做了手术以后，诊断如果不清楚，还有其他的输卵管炎、输卵管结石等疾病，也可能发生肚子疼。所以需要做进一步的检查，明确肚子疼的原因是不是与阑尾手术有关系。