所有的先天性心脏病都是由于受精卵发育成胎儿的心脏发育过程中出现异常，而导致复杂先天性心脏病出现，比如先天性心内膜垫缺损。心房和心室之间有个心内膜垫隔开，隔成4个腔，由于心室融合成心内膜垫的过程中出现障碍，而造成心内膜垫的缺损。先天性心内膜垫缺损包括完全心内膜垫缺损和部分缺损，会造成一系列的畸形的发生，包括室间隔缺损、瓣膜的异常等。因此，复杂先天性心脏病也是胎儿发育过程中的畸形，常常都需要外科手术来进行校正这种畸形。