女性上厕所小便疼，可能是泌尿系感染、泌尿系结核等原因导致。1、泌尿系感染：如果女性同时存在尿急、尿频，尿路感染的可能性高达90%，临床常见的疾病比如尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎。女性的尿道短，容易出现逆行感染，尤其是在经期、更年期以及性生活比较频繁时，机体抵抗力下降或者合并有尿路梗阻，尿道有损伤，平时喝水少，又不注意个人卫生的情况下，容易导致细菌入侵，从而诱发人体尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎，出现尿频、尿急、尿痛等症状，有的还可能出现尿道流脓等，急性肾盂肾炎还可以合并有腰痛发热。建议及时到医院就诊，在专科医生指导下，针对性使用抗生素规律治疗。此外，平时还要注意多喝水、勤排尿、戒烟酒，要避免辛辣刺激性食物，还有治疗期间不能同房；2、泌尿系结核：泌尿系结核引起膀胱刺激，甚至出现结核膀胱炎、黏膜溃疡，会出现尿痛、尿频、尿急等。泌尿系结核起病比较隐秘，容易漏诊，通常以尿频为始发症状。因此，出现尿痛症状时，建议及时就诊，在明确病因后尽早治疗。