男孩阴茎短小，应根据病因进行治疗，常见原因以及措施如下：1、阴茎发育不良：部分男孩阴茎短小，用手去触摸阴茎体时可以发现阴茎体发育不良，同时较为纤细，需要小儿内分泌科医生进行处理和治疗，检查性激素、性腺功能、垂体功能，同时观察睾丸发育情况，从而进行综合判断后进行对症治疗；2、隐匿性阴茎：部分男孩阴茎短小属于隐匿性阴茎，即阴茎外观看上去较小，用手触摸阴茎体时可以发现基本发育正常，只不过大部分阴茎埋藏于皮下，被周围脂肪以及皮肤包裹，外观呈鸟嘴样或螺丝样，用手去推挤男孩龟头后阴茎体可以完全暴露，同时周围阴茎皮肤缺失，此类男孩后期通常需要进行手术矫正。手术主要针对3-6岁的男孩，充分游离阴茎体周围束缚阴茎体的筋膜组织，游离完毕后充分释放阴茎体，同时将阴茎根部固定于皮下，做包皮口成形，以还原阴茎体的基本外观。