引起院内感染的致病菌当中，大多数见于耐药菌，或者条件致病菌。条件致病菌在正常状态下，不会引起健康人的感染，但长期住院、免疫功能低下时可以导致发病，主要分析如下：1、革兰阳性菌：比较常见的是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，也就是MRSA感染；2、表皮葡萄球菌：常见于各种导管插入，表皮葡萄球菌属于机会性感染的细菌，正常状态下寄生在人的体表，如果有各种导管插入，出现皮肤黏膜屏障的破坏，可以引起表皮葡萄球菌感染；3、革兰阴性菌：相对引起感染的概率比较高，常见的大肠杆菌、肺炎克雷白杆菌、阴沟肠杆菌等通常是院内感染的细菌。尤其是产生超广谱β-内酰胺酶的菌株，引起院内感染的概率相对比较高；4、耐碳青霉烯类肠杆菌：是最近这些年出现的致病菌，也称为CRE，现在院内感染的概率相对越来越高；5、非发酵菌：比如铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌，以及洋葱伯克霍尔德菌、产碱杆菌等，引起院内感染的概率相对比较高，尤其在重症监护病房。