在近视治疗的手术方式中，目前认为全飞秒激光手术是较安全的手术方式。因为通过飞秒激光治疗近视是在角膜基质层内磨制一个镜片，然后通过2mm的小切口将镜片取出，从而改变角膜的屈光状态，使患者的视力得到矫正。因为不用制作角膜瓣，切口也较小，所以可以规避术后干眼或角膜瓣复位不良、角膜瓣下浑浊、角膜瓣感染等并发症。此外，因为全飞秒激光整个过程都由一种激光完成，而且飞秒激光的能量更强，所以它对角膜组织的损伤也较小。因此，全飞秒激光从手术损伤及术后发生并发症的可能性而言，都比一般的近视眼手术要低。