扁桃体手术有残留的治疗方法，取决于残留大小以及是否出现症状。若残留较少且患者不存在术后出血、感染，可以不进行处理。但若残留组织较大且经常反复发生出血或感染，可能还需进行二次手术切除。所以建议患者尽量在炎症较轻时进行手术，若病情迁延，易造成切除后残留。扁桃体手术完整切除较为重要，在手术过程中需要保持包膜的完整性，将扁桃体连同包膜整体从人体切除。而对于扁桃体反复发炎的患者，有时与周围组织粘连较重，为避免咽部组织受损伤过大，可能会在扁桃体切除时存在部分残留。