甲硝唑水在临床上主要用于治疗厌氧菌所导致的感染性疾病，甲硝唑水一般是指甲硝唑的漱口水或溶液剂，通常用于治疗口腔感染，口腔感染一般由厌氧菌诱发，因此甲硝唑起到了抗菌、消炎的作用，可以用于口腔炎、牙周炎、牙龈炎患者。甲硝唑主要具有抗菌作用，属于硝基咪唑类的抗菌药物，发挥抗菌作用主要是通过分子中所含有的硝基，能够在无氧环境下还原为具有细胞毒作用的基团，从而起到抗菌功效。甲硝唑对厌氧菌具有比较明显的抗菌作用，除此之外，甲硝唑对于阿米巴虫以及滴虫也能够起到杀灭功效。同时要注意在使用甲硝唑之前不能够饮酒，也不能饮用含有酒精的饮料。