肛门温度计和腋下温度计的主要区别如下：1、大小和型号：通常情况下对于水银温度计而言，肛门温度计直径较腋下温度计略大，读数也相对更精准；2、插入深度：肛门温度计在进行体温采集时，由于其为深部的体表位置，因此插入的深数应尽量＞5cm，一般在6-7cm。而进行腋下体温测量时，深度一般＜5cm，取3-5cm即可；3、体温正常值：肛门温度计和腋下温度计的测量结果和正常指标范围也有所不同，如果用腋下温度计测量，体温正常数值应在36.0-37.0℃，而用肛门温度计进行测量，体温略高，正常值为36.5-37.7℃。