百令胶囊和金水宝的成分都称之为发酵的虫草菌粉，但两者还有一定的区别。具体区别如下：1、成分来源不同：百令胶囊中虫草菌株的来源是来源于四川康定地区，而金水宝的来源是来自青海地区。所以两者来源不一样，成分还是有差别；2、录入药典时间不同：在2000版的药典里，先是金水宝进入了药典，而在05年时百令胶囊才加入了药典；3、适应证不同：从功效而言，两个药的功效都是补肾、益肺、益精血。但在适应证上，百令胶囊主要是治疗慢性气管炎的辅助用药；而金水宝可以治疗阳痿、月经不调等，其适应证比百令胶囊更广。但是，百令胶囊与金水宝都应该作为处方药在临床上使用，所以用药前一定要针对患者的具体特点、具体的疾病状况，最好在中医师的辨病、辨证基础上，来决定其是否适合应用这两个药物，或者选择其一在医生处方的指导下来应用。只有这样，才能使药物具有一定的适应证，发挥一定的疗效，具有一定的安全性。最好在用药前，在药师的指导下结合药品的说明书，充分了解这两个药物以后再开始使用。