大部分川崎病的儿童预后较好，猝死率或者死亡率在1%以下。若无严重并发症，川崎病儿童与正常人寿命相同，目前根据中国人调查显示，平均寿命可能达到70岁左右。极少数有严重并发症者的寿命可能受到影响，比如早期血管炎较重，同时心脏受累比较明显，患儿出现巨大冠状动脉瘤、缺血性心脏病、以及心脏结构与功能改变、心功能下降以及心律衰竭时，儿童预后根据心血管并发症的严重程度因人而异。部分儿童早期出现较严重的并发症，甚至可出现心源性猝死，可能在患病后4-5年，最终由于严重心血管并发症危及生命。