自然流产发生的原因较多，常见原因有以下几种：1、胚胎染色体因素：占所有自然流产的原因50%左右，并且流产的时间越早，胚胎本身的问题越大。最常见的问题是染色体数目异常，比如16-三体综合征，还有单倍体的可能性；2、内分泌因素：比较常见的原因，如黄体功能不全、高泌乳素血症、多囊卵巢综合征、甲状腺功能亢进症、甲状腺功能减退都可能导致自然流产的发生；3、免疫因素：比较常见的原因，抗磷脂综合征以及自身免疫性疾病，比如红斑狼疮、未分化结缔组织病、都有可能导致自然流产发生，自身抗体是导致自然流产发生的原因；4、解剖学因素：比如纵隔子宫是导致早期自然流产最常见的解剖学问题。单角子宫、双角子宫、宫腔粘连、黏膜下肌瘤、内膜息肉也可能导致流产的发生，宫颈机能不全会导致怀孕十几周的中期流产的发生；5、环境学因素：比如放射线、重金属的接触，部分药物，比如海洛因，还有酗酒、吸烟都可能导致自然流产的发生。因此自然流产的发生的原因比较多，需要到医院做全面的检查之后才可能发现，但以上并不是全部原因，大概有40%的自然流产找不到具体原因。