男性小腹痛、腰痛的原因主要有以下几点：1、输尿管结石：病人发生输尿管结石时，由于结石嵌顿而引起输尿管上段痉挛，导致输尿管上段积水、扩张，可能引起腰酸、腰痛症状，还可能出现剧烈的肾绞痛症状。病人可能出现下腹部剧烈绞痛和下腹部方射性疼痛症状，常伴有腰酸、腰痛症状；2、前列腺炎：病人发生慢性前列腺炎时，可能导致前列腺腺体炎性肿大，还可能导致前列腺射精管开口发炎，而引起输精管发炎，进行引起输精管走行区发生坠胀不适和腰酸、腰痛症状；3、急性腹泻：病人发生急腹症时，也可能出现小腹痛伴有腰酸、腰痛症状；4、膀胱炎：病人发生慢性膀胱炎时，由于感染性致病菌而刺激膀胱黏膜，可能导致黏膜水肿、糜烂，病人可能出现尿频、尿急、尿痛症状，可能出现膀胱区、小腹部疼痛症状；5、肾盂肾炎：致病微生物可能沿输尿管开口逆行感染，而引起肾盂肾炎，可能导致腰酸、腰痛症状，可能出现小腹痛和腰痛症状，部分病人还可能伴有发热症状。