男性生殖器上有疱最常见于单纯疱疹病毒2型感染引起的生殖器疱疹病毒感染，治疗方法如下：1、病人发生生殖器疱疹病毒感染时会在阴茎或包皮出现水疱，可以局部使用阿昔洛韦软膏局部涂抹；2、当水疱破裂后容易合并细菌感染，还会伴有剧烈疼痛，可以用红霉素软膏局部涂抹，防止细菌感染。如病人出现剧烈的阴茎疼痛时，可以用1%的盐酸奥布卡因凝胶局部涂抹，来减轻局部疼痛；3、生殖器疱疹病毒感染时常常在阴茎皮肤或龟头冠状沟表面形成多个水疱，水疱破裂后会形成局部溃疡、刺痛、瘙痒。病人出现此症状时可以口服阿昔洛韦或万乃洛韦治疗，万乃洛韦对生殖器疱疹病毒有明显治疗效果；4、可以局部使用3%的硼酸洗液清洗，防止并发其他致病微生物感染。