肚脐眼有臭味的主要原因有以下几种：1、局部卫生差：有的人肚脐眼天生长得比较深，有的人肚脐比较浅，肚脐眼长得比较深的人，污垢容易在肚脐里面积聚，如果长时间不清理就会发生异味，这是最常见的导致肚脐眼有臭味的原因；2、肚脐炎症：在清理肚脐眼时可能方法不当或者是用力过大，导致皮肤发生破损而感染，这种常见的炎症称之为脐炎。多数人是因为在清理肚脐眼过程中方法不当，导致局部皮肤破损，从而发生炎症感染，肚脐眼发生臭味；3、脐尿管未闭：在胚胎发育、生长时，膀胱到肚脐之间有一条索道相通，在生长发育的过程中索道逐渐闭合，导致大多数人的肚脐和膀胱不相通，中间只有一条已经闭锁的索道。但是在少见的发育不完善情况下，这条索道没有完全闭合，所以人的肚脐和膀胱相通，膀胱内尿液有可能进入这条索道而发生感染，之后发生脐炎，这种情况称为脐尿管未闭。所以如果怀疑有脐尿管未闭，一定要通过影像检查，比如超声，如果在下腹部的腹壁上发现脐尿管未闭，需要做相应治疗，比如脐尿管切开、引流，这样脐尿管感染导致的炎症才能得到控制。