阴茎根部长小肉疙瘩最常见于扁平疣。男性发生HPV感染时，会在阴茎根部形成扁平疣或尖锐湿疣，尖锐湿疣呈乳头状或菜花样，表面触碰时容易出血，而且表面发白，醋酸试验呈白色改变。病人出现尖锐湿疣时，通常不伴有疼痛或瘙痒症状。男性阴茎根部出现小肉疙瘩还见于毛囊炎，也会出现毛囊多发疖肿，阴茎根部或阴囊出现多发小肉疙瘩的症状，伴有局部红肿，表面出现脓头现象。病人出现上述症状时，需及时到泌尿外科或男科就医，通过局部检查区分是阴茎扁平疣还是阴茎尖锐湿疣。当发生尖锐湿疣时，需要局部做激光或液氮冷冻治疗。扁平疣也需要做液氮冷冻治疗或激光治疗，同时需要口服阿昔洛韦等抗病毒药，预防病毒瘤复发。