阴茎隐隐作痛的原因及治疗具体如下：1、原因：最常见于泌尿系感染引起的尿道炎，病人发生非淋菌性尿道炎时，会出现阴茎、尿道隐痛症状，这是由于感染性致病微生物刺激尿道黏膜，会出现黏膜红肿糜烂，会出现黏膜局部水疱、脓疱现象，部分病人还会出现尿道发痒症状。此外，病人发生衣原体或支原体感染时，通常会出现尿道隐痛症状；2、治疗：病人出现上述症状时，需及时到泌尿外科就医，通过尿道分泌物培养，或通过精液、支原体、衣原体培养，经过精液细菌培养通常能找到致病微生物，通过选择有效的抗生素，如磷霉素、氨丁三醇散、甲砜霉素、盐酸米诺环素胶囊、头孢克洛缓释片等药物序贯治疗4-6周，多数病人阴茎隐隐作痛症状会明显好转。