婴儿CT检查的危害，主要在于CT通过放射线的原理，对人体进行扫描成像，从而完成对重要脏器的检查，经过放射线的扫描，对人体会产生一定的辐射。而且婴儿对辐射的敏感性可能比成人高，所以婴儿进行CT扫描时对身体造成的伤害可能比成人更大。主要伤害如下：1、从远期角度而言，婴儿发生肿瘤的几率可能比其他不做CT的婴儿明显增加；2、如果婴儿频繁进行CT或X线等放射线扫描，可能会抑制其血液系统，导致骨髓造血受到影响，从而导致其血常规中的三系发生改变；3、如果在做CT过程中，没有对婴儿重要器官进行遮挡，可能还会对其重要器官造成一定的伤害作用。所以通常对于婴儿，不建议将CT作为常规检查。如果病情需要，在将婴儿重要器官遮挡后，偶尔拍一次CT，不会对其身体造成永久性伤害。