孕囊越小药物流产是否会越干净，也要明确孕囊小到什么程度。一般孕囊直径在1cm以上，才建议开始进行药物流产，如果是孕囊较大，会容易造成部分胚胎或者蜕膜组织残留，使得药物流产不干净。但是也不是孕囊越小就会越干净，而且孕囊过小，如果在流产后不能及时发现胚胎排出，因为孕囊太小，有可能孕囊就会随着血块排出，没有办法及时发现，就不能知道胚胎是不是排出，只能通过超声进行随访观察。有时如果孕囊直径还没有达到1cm，超声下也可能会发生误诊的现象。所以并不建议孕囊太小时进行药物流产，建议最好等孕囊直径在1cm以上。另外，就是超声下确切看到宫腔内的妊娠囊和卵黄囊以后，才可以进行药物流产手术，否则在吃药后，没有办法进行胚胎排出的观察。而且超声下有可能还会发生误诊，有时宫腔内有回声，误认为是妊娠囊，其实只是宫腔出血，甚至有时与宫外孕没有能很好鉴别，使得发生严重的宫外孕破裂风险增加。