结核性肛瘘大多是复杂性的，瘘管走行比较复杂，分支也比较多，有些瘘管直接穿过肛提肌，形成窦道，内口位置准确判断和内口的正确处理是结核性肛瘘治愈的最关键的一个点。手术的治疗原则是讲主管道切开或采取一些挂线，支管道全部切除，不留死腔，避免再次形成瘘管。手术大多会采取瘘管切开术、瘘管挂线术、对口引流术，要早期、规律、全程、适宜、联合的方法进行全身的抗结核药物来治疗。患者后期预后比较好，复发率比较低。