深牙周袋内壁化脓性炎症向深部结缔组织扩散，而脓液不能向袋内排出时，即形成袋壁软组织内脓肿。迂回曲折涉及多个牙面的复杂型深牙周袋，脓性渗出物不能顺利引流，特别是累及根分叉区时；牙周洁治或龈下刮治动作粗暴不规范，将牙石碎片推入牙周袋深部组织或损伤牙龈；深牙周袋刮治不彻底，袋口虽然收紧但袋底处的炎症仍然存在，并且得不到引流；有牙周炎的患牙或无牙周袋的牙齿遭受创伤，或牙髓治疗时根管及髓室底侧穿、牙根纵裂等，有时也引起牙周脓肿。此外，机体抵抗力下降或有严重全身疾病如糖尿病患者易发生牙周脓肿。