耳朵根部后面疼的原因主要包括外耳道炎症、上呼吸道感染、化脓性中耳炎等，具体内容如下：1、外耳道炎症：当频繁掏耳朵或者把外耳道掏伤，会出现外耳道的炎症。外耳道炎症会放射到周围，出现耳周部疼痛，有时按压外耳道或耳根部时会出现疼痛；2、上呼吸道感染：上呼吸道感染可导致耳膜的急性炎症，即急性中耳炎。当出现急性中耳炎时，也会放射到耳后部、耳根部，导致该位置出现疼痛；3、化脓性中耳炎：当耳膜穿孔，有脓液在中耳腔内流出时，会刺激到外耳道，导致化脓性中耳炎，也会引起耳根部疼痛。因此，当出现耳根部疼痛时，需要检查是耳道的问题还是耳膜的问题，并根据病因进行对症治疗。