排尿时感觉龟头疼痛常见于尿道炎，感染性致病菌会刺激尿道黏膜，导致黏膜水肿、糜烂，当炎症引起尿道舟状窝处糜烂时，就出现排尿时龟头局部疼痛的症状。常伴有龟头和尿道口局部分泌物，少数患者还会伴有尿道刺痒症状，主要致病菌如下：1、支原体性尿道炎：会在尿道相对狭窄处形成局部水肿、糜烂，出现局部炎症。排尿时尿液刺激糜烂的尿道黏膜时，会出现尿道刺痛症状。当尿道舟状窝发生炎症时，可出现龟头疼痛症状；2、衣原体性尿道炎：会引起尿道黏膜水肿、糜烂，出现尿道黏膜破损糜烂，在尿液刺激下，患者排尿时也会出现龟头疼痛的症状；3、其他致病菌：如链球菌感染或表皮葡萄球菌感染引起的尿道炎，均会引起尿道疼痛症状。当患者出现上述症状时，需及时到泌尿外科或男科就诊，通过规范的药物治疗，多数患者的尿道疼痛症状可明显好转。