早上起来一只眼睛疼的原因如下：1、结膜炎：眼睛局部单眼疼痛，一般是有炎症的表现，如结膜炎。早上起来发眼睛比较充血、发红，并有眼睛痒、涩、痛的症状，有较多的分泌物，这是一种炎症表现；2、麦粒肿：最常见的一种是急性炎症，如麦粒肿，相对于结膜炎来说，麦粒肿所产生的疼痛感更明显，疼痛也比较剧烈。这时候如果眼睛基本未发红，也不酸涩、流泪，疼痛比较厉害，可以用手沿着睑缘轻轻地触压，会触压到一个明显的压疼点，这个压疼点即麦粒肿的症状。在这个情况下，早期24小时以内可以冷敷，经过冷敷后可自然消失，24小时后可以热敷，促进局部组织的吸收、扩散，一部分炎症也会逐渐消失。另外一部分局部炎症聚集，会形成比较明显的红、肿、热、痛等典型症状，即麦粒肿的表现。