腧穴的特殊作用通常有两方面，一是有比较好的双向调节作用，另一个作用是真正意义上的特殊作用。天枢、足三里既可以治疗便秘、大便困难，也可以治疗腹泻、拉肚子，不管是偏高或偏低，针灸腧穴都可以起到治疗作用，这就是双向调节作用，而且选择的腧穴组方基本上一样。心跳过快可以选择内关，心跳过慢也可以选择内关，内关在心率调节上具有双向的调节作用，这也是它的特殊作用。还有一部分特殊作用指的是腧穴可以治疗非本经的病，一个穴位归属一条经脉，这条经脉有其主治作用。腧穴可以治疗本经、表里经的病患，但有些穴位的治疗作用比较特殊，比较偏离其本经的疾患，如至阴穴可以转胎，少泽穴可以通乳，都属于腧穴的特殊作用。