金黄色葡萄球菌感染，有极少数患者可以自愈，但几率并不多，一般见于小的疖肿或者甲沟炎，局部已经形成脓肿，自然破溃后，脓液流出，通常不需要应用抗菌药物治疗，可以自愈。如果局部脓肿明显，不能够自然破溃，需要进行切开引流，如果直径＜5cm，切开引流之后可以不应用抗菌药物治疗，但前提必须是免疫功能正常的健康人群，患者可以自然痊愈。如果患者免疫功能低下，即使脓肿＜5cm，也需要应用抗菌药物治疗。如果金黄色葡萄球菌引起较深层次的感染，比如肺炎、腹膜炎、亚急性心内膜炎、急性心内膜炎、脑膜炎或者细菌入血引起败血症，基本上不可能自愈。需要应用抗菌药物治疗，如果不是耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，可以应用苯唑西林、头孢唑啉，如果是耐药菌，需要应用万古霉素、达托霉素、利奈唑胺或者替考拉宁，此类药物治疗。