阴茎短小有以下原因：1、内分泌障碍：阴茎短小可能是先天性疾病或者先天性畸形，与内分泌系统、激素产生的原因有关，内分泌系统出现问题，比如垂体、肾上腺分泌激素障碍，不能刺激阴茎或者睾丸，导致阴茎发育不良；2、睾丸应答障碍：垂体或者肾上腺分泌的激素正常，睾丸无法响应，雄激素分泌障碍，导致阴茎发育出现问题；3、病因不明：各个内分泌器官分泌激素水平正常，睾丸本身应答正常，这种情况属于原因不明的阴茎短小。