牙根囊肿手术一般危险较小，但任何手术均具有一定危险，从大多数上来讲，如果及时治疗，还是比较安全的。​牙根囊肿就是根尖囊肿，当然可能还有一些相关的，比如角化囊肿，甚至是成釉细胞瘤等。如果根尖囊肿，一般来讲不会太大，可能由于牙根发炎，慢性刺激引起的。这种情况下，需要进行根管治疗，尽量把牙留住，然后通过手术切掉囊肿，手术不大，但是任何手术都有风险，比如出血、感染、损伤牙根，或者损伤到旁边的牙齿等。如果进行全身麻醉，就会有麻醉风险和药物过敏风险，此时危险就比较大。再一个，有可能是角化囊肿，甚至是成釉细胞瘤，就会长得很大，可能半侧下颌骨都是，此时有可能要开窗，让囊肿慢慢缩小后，再手术。如果开窗效果不好，可能半侧下颌骨都要切除，这个手术危险就比较大了，可能会影响外形，或者影响气道，影响呼吸，甚至严重时威胁到生命。