脑脓肿手术的后遗症取决于脓肿范围以及术前存在的神经功能障碍等因素，常见的后遗症包括以下几类：1、癫痫：脑脓肿手术后容易遗留癫痫，可以是局灶性的癫痫发作，也可以是全身的强直阵挛性癫痫发作；2、缺损症状：术后患者可见不同程度的失语、偏瘫以及偏身的感觉障碍，发生在枕叶的脑脓肿容易出现视野偏盲情况；3、平衡障碍：发生在小脑部位的脑脓肿，手术后患者可能出现长时间的头晕、走路不稳等平衡障碍症状；4、精神障碍：发生在额叶、颞叶的脑脓肿，手术后患者可能出现一定程度的精神障碍，比如性格改变、记忆力减退、注意力不集中等；5、意识不清：相对比较严重的脑脓肿患者术后可能仍处于昏迷状态，即意识不清状态，部分患者可能维持长期植物生存状态；6、其他症状：如果是预后不良的患者，尤其是长期肢体偏瘫的患者，可能发生肢体的废用性萎缩、关节僵硬以及压疮等一系列并发症和后遗症。