祛除扁平疣最为有效的方法是激光治疗，然后依次为冷冻治疗以及药物治疗，具体治疗方法如下：1、激光治疗：属于治疗扁平疣最为有效的方法，激光治疗副作用最小，治疗效果较为彻底，疗效有效率可达95%以上，因此激光治疗是较为有效、安全的治疗方法。激光治疗最常见的不良反应，是可能会在局部形成凹陷性瘢痕，取决于操作员的水平与皮疹大小。如皮疹较大，形成凹陷风险会较大，皮疹较小，发生凹陷的风险也就较小；2、冷冻治疗：属于物理治疗，冷冻治疗的风险在于比较容易造成局部色素沉着或色素脱失，这种脱失甚至可能为永久性脱失。因此如果皮疹位于面部，采用冷冻治疗时可能会产生色素沉着，对面容造成损伤；3、药物治疗：治疗效果比物理治疗稍差，最高大概有80%的治愈率，可用外用药物与口服药物进行治疗，通常选择抑制角质增生的药物，以及抗病毒的药物进行治疗。