肝内胆管结石的治疗，相对肝外胆管结石而言比较复杂，治疗原则主要包括以下几点：1、取净结石：要通过肝外胆管切开，在肝内取净石头；2、祛除病灶：如果结石很多，很难取净，或者同时局限于某一叶或者某一段，可以做肝叶或者肝脏切除，就可以达到取净结石和祛除病灶的作用；3、通畅引流：由于肝脏胆管结石，通常合并肝内胆管狭窄，在手术过程中，一定不要忘了解除胆管狭窄。如果胆管狭窄不解除，在上游的胆管，随着病程发展，会导致胆汁引流不畅，甚至出现看见胆管结石的情况。如果狭窄局限于在某一肝叶，或者肝段，可以直接做肝叶或者肝段的切除。如果狭窄局限在肝门，需要做肝口切开扩大成型，再做通畅引流。引流的方法有几种，第一种是直接和空肠做胆肠入脉的吻合，第二种可以保留下端正常的功能，可以做游离空肠，或者用胆囊做一个盲端，和切开的胆管做吻合，盲端放在皮下，以后结石如果出现复发，可以通过皮下盲端来进行取石治疗；4、防止复发：目前因为肝内胆管结石的发病的机制还不是特别清楚，所以目前并没有特别好的手段达到防止复发的作用。