新型冠状病毒也可能变异。新型冠状病毒肺炎来自冠状病毒，冠状病毒已有50多种，能够感染人类的加上新型冠状病毒感染一共7种，以前6种包括了2003年SARS及2012年出现中东的MERS，即中东呼吸综合征，故冠状病毒属于容易变异的病毒，一旦冠状病毒继续变异，曾患过冠状病毒肺炎患者可能无抵抗力。其类似流感，每年可能有不同流感毒株，感染过流感后，第二年依旧可能患流感。新型冠状病毒肺炎也可能继续变异，使得已产生的抗体失效，但出现大变异概率较低。因此，疫苗研发时需考虑病毒变异概率，研发出一种可保证病毒轻微变异后仍然有效的疫苗。根据目前对新型冠状病毒肺炎研究，还未发现有明显的变异。