男性早上起来肾疼的可能原因包括：
1. 肾盂肾炎：这是由于病原微生物感染肾脏，引发肾炎。炎症刺激肾脏部位，可能会导致早上起来肾痛，并伴有尿频、尿痛、恶心等症状。
2. 肾结石：肾结石可能是由于饮食因素、代谢异常等原因，导致尿液在肾区析出结晶，形成肾结石。肾结石在肾区活动可能会导致肾脏黏膜损伤，从而出现早上起来肾痛的症状，并伴有血尿、呕吐、腹胀等症状。
3. 肾脏肿瘤：如果存在肾脏肿瘤，肿瘤细胞可能会侵犯肾脏健康黏膜组织，导致肾痛，并伴有血尿、腰痛等现象。
4. 腰肌劳损：如果白天有过重体力劳动，可能会导致腰肌劳损，误认为是肾区的疼痛。
需要进一步检查确诊，比如尿常规检查、泌尿系统B超检查、肾脏的CT检查等。请注意，以上内容仅做参考，具体的病因和治疗方法会因个体情况而有所不同。如果早上起来出现肾疼的症状，建议及时就医，接受专业医生的建议和治疗。
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