根管治疗后牙齿隐隐作痛，可能由于以下原因导致：

1. 扩大根管在根管扩大成型、消毒、充填等治疗过程中，由于机械刺激或化学药物的刺激，对牙齿根尖周围，造成了一定程度的损伤引起隐隐作痛，一般这种疼痛会慢慢消失。
2. 残留牙髓如果治疗不彻底，出现残留牙髓、遗漏根管的情况，出现牙髓炎，可以隐隐作痛。
3. 咬合损伤导致的根管治疗后隐隐作痛，一般可以先通过调颌来治疗。
4. 可能是由于牙齿解剖变异、小的根管未找到，里面有残留神经所导致。患者需借助于牙CT检查，或者根管显微镜，将充填材料拿掉后再仔细查找，找到后将牙神经拔干净，重新消炎，重新充填。
5. 在治疗过程当中，可能会刺激牙根尖组织，导致根尖有炎症反应，以及有渗出。患者未做根管充填，可以将封填的消炎药先去掉，开髓开放几天，等渗出减少后，再重新封药消炎，重新根管充填。如果已经充上但出现疼痛，可以服用几天消炎药进行观察。

如果疼痛控制不住，可能需将充填物拿掉，重新开放几天，重新消炎，重新充填。建议及时到口腔科就诊，再针对性的治疗。