菌群移植治疗对自闭症的治疗有一定效果，但目前仍处于试验研究阶段，尚未大规模应用于临床。
菌群移植治疗主要是通过将健康的菌群移植到患者体内，从而重建自闭症患者的肠道内菌群平衡，达到治疗疾病的目的。研究发现，肠道菌群与自闭症的发生是直接或者间接相关的。一组病例报告研究了18名由ADI-R诊断为ASD患者，伴有中度至重度肠道问题的儿童（7-16岁），在进行为期8周的菌群移植FMT治疗后，胃肠道症状平均减少约80%，便秘、腹泻、消化不良及ASD症状显著改善，且治疗8周后相关症状仍然持续改善。
但是，虽然菌群移植治疗宣称安全、无害，但目前尚未报告菌群移植治疗的副作用及安全性，缺乏相应的循证证据和理论支持。因此，对于自闭症的治疗，还需要更多的临床研究和证据来支持菌群移植治疗的有效性和安全性。
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