胆结石凌晨三四点疼的原因有以下几个方面：
1. 夜间机体分泌大量胆汁，储存在胆囊内，如果伴有结石，结石位置会移动，一旦出现结石嵌顿，患者会出现疼痛。
2. 患者晚餐过饱、饮食油腻，增加胃肠道的消化功能负担，坚持到凌晨时，胃肠道的代偿能力不足以消化食物，就会引起急性炎症，继而出现疼痛。
3. 迷走神经兴奋也是凌晨胆结石疼痛的原因之一。
4. 生物钟对胆囊的收缩和胆道的运动有调控作用，胆囊在夜间可能会收缩，特别是凌晨三四点这个时间段，胆囊的收缩可能导致胆结石被推向胆囊的出口或者胆道，从而引起疼痛。
胆结石患者如果反复出现疼痛，建议及时进行治疗，手术治疗是有效的方式之一。
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