人流后第三天小腹隐隐作痛可能有两种原因：
1. 手术人流后，子宫内膜上存在创面，子宫收缩，这是正常的生理现象。
2. 存在阴道出血的可能性，大部分患者的疼痛感会在人流1周后慢慢消失。
如果疼痛剧烈，而且阴道出血量大，需要考虑是否存在宫腔积血未排干净、宫腔残留物、宫腔感染等，这时候需要进行阴道彩超、血常规检查，查明原因后再在医生的指导下进行相应的治疗。
总的来说，如果人流后第三天小腹隐隐作痛，在排除严重的情况下，可以先观察几天，如果疼痛难忍，建议及时就医。
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