使用甲硝唑凝胶后排出褐色分泌物的原因可能如下：
1. 药物残渣：甲硝唑凝胶中的药物成分未完全吸收，与阴道分泌物混合后排出，呈现为褐色。这是正常现象，可以先观察看看，注意局部卫生，勤换内衣裤。
2. 宫颈糜烂：女性患有宫颈糜烂，在应用甲硝唑凝胶时可能过度刺激宫颈黏膜表面，导致出血，与白带混合后会出现褐色分泌物。
3. 阴道炎：患有滴虫性阴道炎或细菌性阴道炎比较严重时，应用甲硝唑也有可能阴道内会有褐色分泌物。
在应用甲硝唑凝胶后出现阴道内流褐色分泌物，请及时与医生沟通，对于药物导致的褐色分泌物，可以不进行处理，遵医嘱治疗，按时复查即可。对于病情较严重的，可以考虑联合口服药物治疗，加强治疗效果。同时在患病期间要每天洗澡，选择淋浴，避免盆浴，而且要多喝水，多吃点含维生素比较高的食物，少吃刺激性食物。
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