舌根处特别疼可能有以下原因：
1. 舌头根部溃疡：可能由于牙齿错位或尖牙经常咬到舌根，导致舌黏膜损伤并引发溃疡，出现疼痛。另外，上火、生活作息不规律、营养不均衡导致维生素缺乏也会诱发舌根溃疡。重则出现血疱，痛甚会影响说话和进食。可以喷相关制剂或含漱药物消炎、止痛、促愈合。
2. 舌头根部炎症：如果患有口腔粘膜和舌乳头代谢障碍，上皮细胞组织发生异常改变的情况，导致萎缩性舌炎或舌痛的症状出现，此时可能在患者身上出现合并口角炎、味觉减退和口舌黏膜溃疡等症状。
3. 脑血栓或尿毒症：在临床上，脑血栓在发作的前兆，患者的舌头表面会没有任何征兆出现，但在舌头的根部却会有痛感出现，此种现象在60岁老年人的身上最常见。而尿毒症患者来说，舌头根部痛是其患上该病后早期阶段最常见的症状。由于尿毒症患者的肾脏不能及时的排出体内代谢的产物，毒素的积累很容易导致舌黏膜出现不同程度的损害引发痛感。
以上信息仅供参考，当出现舌根疼痛等症状时，应该及时就医，寻求医生的专业指导。
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