肛门尖锐湿疣的治疗与其它部位尖锐湿疣治疗方案相同。总体就是去除疣体、清除病毒。去除疣体可采用物理性方法、化学性方法、生物物理性方法、提高免疫力，以及中医中药治疗。在清除病毒上可采取局部外抹干扰素、咪喹莫特，用中药外洗或服用提高免疫力的药物。 对于发生在皮肤比较干燥的地方，且孤立、散发的疣体，患者可用三氯醋酸、鬼臼毒素、尤脱欣类腐蚀性药物去除疣体。但对于潮湿部位建议找专业医生进行治疗，通过3-6个月全面治疗，可以彻底治愈，达到清除病毒的目的。