怀孕40天阴道检查看不到孕囊，可能有以下几种情况： 1、患者月经周期不规律或者经期延长，也可能月经周期规律，但是每个周期排卵时间不规律，那么按照末次月经所推算受孕时间已经达到40天，但是实际受孕时间并未达到40天。这时候阴超宫内看不到妊娠囊，可以推迟一周以后再进行检查，也可以及时行绒毛膜促性腺激素测定，如果激素翻倍情况符合怀孕标准，可等待妊娠囊出现； 2、宫外孕，最常见宫外孕是输卵管妊娠，宫内看不到妊娠囊，要在盆腔内做细致而广泛扫查，寻找疑似宫外孕包块。如果宫内暂时没有看到妊娠囊，宫外经过扫查也没有看到可疑包块，这时可以根据患者临床表现以及HCG情况，及时复查、密切观察； 3、胚胎发育不良导致生化妊娠，或者不能排除早期流产可能。 但是以上疾病诊断还需要及时行HCG绒毛膜促性腺激素测定，观察翻倍情况，根据翻倍情况、临床表现进一步明确诊断。