停经40天B超看不到孕囊有可能是宫外孕的表现，也有可能是胚胎发育较小的表现，两者需要做出鉴别，具体内容如下：1、胚胎发育较小：一般2次月经中间为排卵期，如果在正常排卵期排卵在停经40天左右，可以看到宫内孕囊，但有时排卵推迟，孕囊发育较小，停经40天有时看不到宫内孕囊，需要再等待1-2周，才可以看到宫内孕囊；2、宫外孕：非常危险，如果漏诊宫外孕，有时甚至有生命风险，要检查血HCG，如果血HCG超过2500-3000U/L，B超宫内未见孕囊，考虑宫外孕，按宫外孕处理，可以采取MTX保守药物治疗，也可以采取手术治疗。如果血HCG在2500-3000U/L之内，B超看不到宫内孕囊，要随诊观察，一般每隔48小时，检查血HCG和B超判断具体是宫内孕或宫外孕。