早上起来肚子疼的原因，常见有以下几种：1、膀胱憋尿：膀胱充盈时可能会引起肚子疼，因尿憋时间过长；2、腹部着凉：晚上睡觉时被子没盖好，出现肚子着凉，早上起来时肠管受到凉的刺激，出现痉挛性收缩，引起肚子疼；3、自主神经功能紊乱：如肠功能紊乱，早上起来后肠管出现痉挛性收缩，引起肚子疼；4、其他原因：腹部脏器病变，如小肠的炎症性疾病，还有溃疡性结肠炎、肠结核、克罗恩病或者肿瘤性疾病，如间质瘤、腺癌等。上述病因，需根据疼痛部位、疼痛性质，进行相应检查，如结肠镜、胃镜、小肠造影检查，查看是否有消化道或者其他腹腔脏器疾病。